檢驗檢測
經驗分享:如何正確認識新冠病毒核酸檢測中的內標基因
核酸檢測作為新冠肺炎感染者的確診依據,在疫情防控中發揮著至關重要的作用。“內標”基因作為體現核酸檢測質量的重要指標之一,通常指實時熒光定量PCR中的內參基因,能夠對單個待測樣本本身的檢測環節進行監測,可作為質控品的有力補充。 目前獲批的核酸檢測試劑盒基本都已經加入“內標”,主要分為“外源性內標”和“內源性內標”兩種,下面我們結合實驗室經常遇到的“樣本內標擴增異?!鼻闆r,與大家討論一下,在質控滿足要求時,如何正確的認識核酸檢測中的內標基因。
對于“外源性內標” 靶基因和內標均無擴增 常見原因:無法明確是否存在檢驗前問題,多數為檢驗中內標樣本錯加漏加、核酸加樣時錯加漏加;若連續多個樣本存在此情況,首先考慮提取試劑、提取儀的問題。 靶基因有擴增但內標無擴增 常見原因:應先明確靶基因是否同內標基因存在競爭或抑制作用,若不存在,原因同上,且該擴增孔存在污染可能。 例圖1: 典型的高濃度樣本抑制內標基因擴增。 圖 1 靶基因有擴增但內標無擴增 外源性內標基因擴增明顯離散 常見原因:外源性內標最大特點為均勻性好,故個別樣本內標離散時多為反應體系中存在抑制物;部分連續樣本內標離散時,應首先考慮提取試劑、提取儀的問題;若整板樣本內標離散時,多為擴增體系配制時未充分混勻。 例圖2: 該樣本反應體系中存在抑制物。 圖 2 單個樣本內標基因離散 例圖3: 由于磁珠殘留、加熱模塊異常,造成多個連續樣本內標基因離散。 圖 3 多個樣本內標基因離散 以上應對措施 更換試劑、耗材、儀器等條件進行復檢;重新采樣檢測并嚴格按照sop操作等。 對于“內源性內標” 檢驗人員需首先明確 內源性內標有擴增不代表采樣成功,原因有3點: 1.對于混采樣本,只需1個受試者采樣成功,內源性內標就會有擴增; 2.以RNase P內標為例,如不能正確采樣,僅采集口腔甚至皮膚樣本,同樣會有內源性內標擴增; 3.環境中可能會存在人源性樣本氣溶膠污染。但是,采樣不成功時,內源性內標一定無擴增。 靶基因和內標均無擴增 常見原因:實驗室較為常見,涉及范圍較廣,包括檢驗前樣本采集、保存、運送問題;檢驗中反應體系、提取、擴增問題以及人員操作問題等。 靶基因有擴增但內標無擴增 常見原因:情況極其少見,因內源性內標基因與靶基因通常無競爭或抑制作用,所以原因同上,且該擴增孔可能存在污染或非特異性擴增。 例圖4: 采樣失敗且靶基因非特異性擴增。 圖 4 靶基因非特異性擴增且內標無擴增 內源性內標基因擴增明顯離散 常見原因:由于采樣質量直接影響內標擴增結果,故曲線較離散屬于正常情況,并不一定是人員不規范操作引起的,所以這種情況較難界定。 例圖5: 若排除檢驗前問題,整體內標曲線相對離散,可能由于樣本未充分振蕩混勻或擴增體系配制時未充分振蕩混勻。 圖 5內標基因離散 以上應對措施 更換試劑、耗材、儀器等條件進行復檢;重新采樣檢測并嚴格按照sop操作等。 其他常見的異常內標曲線 曲線明顯分為兩簇 常見原因: 1.可能是提取儀異常導致提取效率低,多為加熱模塊故障、磁珠異?;虼胖闅埩?; 2.可能所用的反應液放置時間過長導致擴增效率下降; 3.可能是不同的采樣管內的保存液對提取試劑的提取效率有影響。 圖 6 擴增曲線分為兩簇 內標曲線不平滑(靶基因曲線正常) 常見原因:多為錯用擴增程序,如A試劑反應體系使用了B試劑的擴增程序,可重新選擇正確的熒光通道。 圖 7 內標曲線不平滑 不同的內標都各有利弊,實驗室應根據具體的使用需求,科學看待和選擇。即“有內標不一定行,但無內標一定不行”。 核酸檢測過程中的每一個操作環節都有可能影響檢測結果,所以實驗室必須規范化管理,出現樣本內標異常結果時也應細心觀察、耐心分析,采樣人員采樣時也應規范合理,最終保證核酸檢測的質量,為疫情防控保駕護航。